自從朝鮮威脅向關島周圍海域發射導彈以來，該島的戰略地位受到很大的影響。關島是美國領土的最西端，目前部署2個軍事基地，分別供空軍和海軍使用，並在計劃為海軍陸戰隊建設第三個軍事基地。二戰期間，美國從日本手中奪回關島，自此後在那裏駐紮重兵，這裏時不時會引發爭議。這些地緣政治形勢已經重塑了這座島嶼，其1/3直接處於美軍控製之下。這意味著要不斷為海軍艦隻通行疏浚碼頭，為美國數千官兵建設住房，並計劃在關島國家野生動物保護區旁邊設置實彈射擊靶場。其中，美軍基地對關島生態影響最大的就是蛇類。
二戰後的幾年時間裏，當美國軍用飛機在關島進進出出時，一種被稱為棕樹蛇的物種搭乘順風機從南太平洋來到了關島。它體長有數英尺，以小型哺乳動物、蜥蜴和鳥類為食。在島上，這種入侵的捕食者發現了很容易捕獲獵物，包括密克羅尼西亞翠鳥和馬裏亞納水果鴿子以及棕扇尾鴿。在短短的幾十年裏，棕樹蛇吃掉了關島上5/6的本土森林鳥類物種。
有科學家最近表示："在關島叢林裏獨自度過一天，真是非常怪異的感覺。"這裏沒有鳥兒的歌聲，沒有交配的呼喚，沒有嘰嘰喳喳、生機盎然的感覺。控製蛇類種群壯大的努力越來越極端，美軍會用飛機在島上空投數以千計的死老鼠，老鼠身上含有對乙酰氨基酚（Tylenol中的活性成分），對於蛇類來說屬於劇毒物質。
棕樹蛇的食欲已經影響到關島的整個生態係統。沒有鳥兒吃它們，蜘蛛群體就會繁盛起來。沒有鳥散播種子，森林變得稀薄。據估計，新樹苗的成活率已經降至61-92%。島上建造軍事基地使這一切變得更加複雜。美國地質調查局野生動物生物學家蘇珊·海格（Susan Haig）指出："關島的軍事化發展已經導致大量森林消失。"
由於2004年美國國會通過了一項修正案，賦予軍方在《瀕危物種法》中擁有"關鍵棲息地"的豁免權限。對於那些瀕臨滅絕或受到威脅的物種來說，關鍵棲息地都是至關重要的地區，越來越難以保護。而軍隊在占據關鍵棲息地時，無需像其他機構那樣，需要與美國魚類和野生動物管理局製定綜合性的自然資源管理計劃。
《洛杉磯時報》2004年初報道，美國魚類和野生動物管理局最初建議將10037公頃的關島森林作為鳥類的棲息地。在國會給予軍方豁免權限後，該機構最終將提議的棲息地麵積削減至152公頃。
將一個海軍基地從衝繩遷往關島的計劃，將意味著更多棲息地遭到破壞。為成千上萬的海軍陸戰隊士兵及其家屬新建住房，將會影響數百公頃鳥類和瀕危馬裏亞納果蝠的恢複棲息地。而提議建造的實彈射擊訓練場也將影響數百公頃地域。
美軍基地聚集在關島上也對附近的其他島嶼造成了影響。軍方提出要在關島北部的天寧島和P?gan島進行軍事演習，這些島嶼都屬於北馬裏亞納群島的美國聯邦。其中Pagan可能成為轟炸訓練場，天寧島周圍的珊瑚礁則成為兩棲車輛的練習場。
生物多樣性中心高級顧問Miyoko Sakashita表示："這些島上擁有極其豐富的生物多樣性，而軍事活動的增加對它們造成重大影響。"生物多樣性中心與幾個當地團體已經將軍方告上法庭，挑戰其訓練計劃。
對於美軍來說，如果亞洲出現麻煩，這些偏遠島嶼將變得非常關鍵。但是，在太平洋地區展示美國軍事力量的環境代價也不成比例地落在它們身上。這些島嶼上的野生動物成為地緣政治的犧牲品。美國地質調查局退休生物學家戈登·拉達（Gordon Rodda）稱："隨著關島日益關注朝鮮的威脅，我理解的核交易可能對關島的野生動物來說沒有好處！"
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